昭和58年には、准看護師から看護師への道を開いて欲しいという地域社会の要望に応え、新たに進学課程（2年制）の看護科を増設し、北校舎の一角に看護科棟を設けました。医療の高度化、多様化、また急速な少子高齢社会の到来など医療環境を巡る変化には著しいものがあります。医療知識と技術の急速な発展と高度な医療に対応するため、資質に恵まれ、優れた創造力と豊かな応用力を兼ね備えた人材の育成はますます重要になっています。

平成15年4月、学校法人銀杏学園はこのような時代の要望に応え、銀杏学園短期大学を改組転換して、保健科学部に衛生技術学科、看護学科の2学科を配置する、熊本保健科学大学を開学いたしました。 これに伴い現在の和泉町に新しく校地・校舎を求め、短大の在学生と共に移転しました。短期大学は、看護科第20期生、衛生技術科第35期生の卒業後、平成18年3月に閉校しました。

平成19年3月熊本保健科学大学は第1回卒業生を送り出すと共に、4月には、保健科学部にリハビリテーション学科（理学療法学専攻、作業療法学専攻）を増設、同時にまた、助産別科を創立し、看護師から助産師への道を開く課程も開設しました。

平成21年4月には、さらなる高度な人材育成を目指して、大学院　保健科学研究科（修士課程）を開設しました。加えてキャリア教育研修センターを立ち上げ、全国で初めての開設分野となる脳卒中リハビリテーション看護の認定看護師教育課程を10月に開講しました。